Filiera Legno è organizzata in modo da garantire la partecipazione attiva degli imprenditori alla vita della Federazione. Sono organi istituzionali: l‘Assemblea dei soci, tra i cui compiti si ricordano l’elezione del Presidente e della sua squadra e l’approvazione del bilancio e della delibera contributiva, il Consiglio Generale che rappresenta l’organo direttivo allargato della Federazione, il Consiglio di Presidenza, in cui è garantita la rappresentatività di tutte le associazioni statutarie della Federazione e che rappresenta l’organo esecutivo della Federazione.